جنگ چارلی داستان شارلوت لوییس است، زنی که در اثر رویاهای شدید روانی و عاطفی دچار آشفتگی است. در رویاها او دختر کوچکی است که از ترس‌های ناشناخته فرار می‌کند. برای درک رویاهای آشفته‌اش، شارلوت بخشی از دوران کودکی‌اش را دوباره تجربه می‌کند که با یادهای تصویری در ذهنش باز می‌گردد. چارلی، خواهری که با او زندگی می‌کند، جابی و مادرشان با مادر بزرگش به او می‌پیوندند. سال ۱۹۴۴ است و جنگ جهانی دوم در اروپا و شرق دور شدت می‌گیرد. هرچند مزرعه مادربزرگ به نظر پناهگاهی آرام می‌رسد، اما زمینه‌ای از ترس و تهدید پنهان در اطرافشان وجود دارد.