در دوره ادو، هشتمین شوگون توکوگاوا، یوشیمون، رسماً ۱۷ خانواده از محافظان نینجای خصوصی خود را داشت. آن‌ها با نام «گروه مخفی هجدهم» شناخته می‌شدند. چند ماه پس از درگذشت یوشیمون، پسر چهارم او، هیتوتسوباشی، از کانی آمتارو، آرایشگر، می‌خواهد تا گروه را دوباره گرد هم آورد. اعضای دیگر این گروه عبارتند از میکی، دکتری؛ اوتوجیرو، آشپز؛ و اینوکیتشی، آکروبات. اعضای گروه با تردیدها و مناقشات داخلی در مورد نحوه زندگی به عنوان «عملیات مخفی» روبه‌رو هستند، اما با وقوع بی‌عدالتی‌های مختلف در ایدو... راهی جز اتحاد و آغاز از بین بردن تاریکی به صورت جمعی ندارند.